Las olimpiadas se desarrollarán en tres fases sucesivas: Fase local, fase nacional y fase internacional e iberoamericana.
La fase local de las olimpiadas será convocada, organizada y resuelta íntegramente por las Reales Sociedades y ANQUE. Los alumnos seleccionados en dichas fases locales pasarán a participar en la fase nacional y los ganadores de la fase nacional formarán parte del equipo que representará a España en las fases internacional e iberoamericana de las Olimpiadas de Matemáticas, Física y Química y EUSO, correspondientes al año 2014.

La organización del concurso, así como la difusión, publicidad y bases para la participación en la fase nacional de la Olimpiada de cada disciplina, correrá a cargo de las Reales Sociedades Españolas y de ANQUE, que difundirán suficientemente las convocatorias, tanto a través de la página web de cada entidad, como mediante cualquier otro medio de comunicación que garantice el conocimiento de la misma.