A nivel de privacidad y seguridad digital, al ser OneNote una aplicación dentro de las ofrecidas en el portal de la Junta de Castilla y León (Educacyl), la propia Junta de Castilla y León se encarga de que los datos no sean utilizados por terceras personas, siendo una aplicación segura. 
 
No obstante, hay otras cuestiones sobre seguridad y confianza digital que deben ser tenidas en cuenta a la hora de usar esta aplicación. 
 
Es importante conocer los permisos que tiene cada página, pues hay información que queremos que sea visible solo a nivel particular o contenidos que no queremos que nadie edite.  

Los Blocs de notas de cada alumno solo son visibles para el alumno concreto y el/la/los/las docentes del Bloc de notas para educación, siendo invisible para el resto de alumnos. Ello quiere decir que cualquier información personal de este alumnado, concretamente las evaluaciones, deberá ser dejada en este apartado para asegurarnos su confidencialidad. 
La biblioteca de contenidos: el profesor puede editar y ver, mientas que el alumnado solo puede ver. 
El espacio de colaboración: Profesores y alumnos pueden ver y editar. 
Exclusivos para profesores: este apartado es solo accesible para el profesor, siendo invisible para el resto del alumnado. Ello convierte este espacio en el ideal para guardar información del alumnado de forma segura. Por ejemplo, una hoja excel donde tenemos las calificaciones de cada uno de los instrumentos de evaluación de nuestro alumnado. 

Al compartir un bloc de notas, puede producirse que algún usuario borre información inintencionadamente, por ejemplo en grupos de trabajos de los alumnos. 
 
Para poder recuperar información debemos: 

Ir al menú superior y escoger la opción Historial. 
Seleccionamos la opción Ediciones recientes. 
 

 
Esta opción nos permite ver que cambios se han producido en el Bloc de notas para educación e incluso recuperar una versión anterior. 
 
Esta opción también es muy útil a la hora de evaluar el trabajo de nuestro alumnado, pues podemos observar cuanto tiempo ha necesitado para realizar la tarea. Por ejemplo, si en un solo minuto ha rellenado 20 párrafos podemos sospechar que se ha realizado un "corta-pega". 
 
Además, también es útil cuando encargamos realizar un trabajo en grupos al alumnado, pues así podemos observar quien ha realizado cada apartado y cuánto tiempo ha trabajado en ello. 

Cuando trabajamos en una sección compartida de un Bloc de notas para educación, en el lateral derecho del cuadro de texto aparecen las siglas del autor de dicho texto. Al poner el cursor sobre esas siglas aparece el nombre de los autores y la última fecha de edición. Esto puede sernos útil a la hora de evaluar el trabajo de un alumno, pero también puede resultar que nos interese que esta información sea anónima. 
 
Si queremos que esa información sea anónima debemos: 

Ir al menú superior y seleccionar Historial. 
Escogemos la opción Ocultar autores, de esta manera se vuelve anónima la información de quien ha realizado dicha modificación. 
 

Aunque el espacio colaborativo está preconfigurado para que el alumnado pueda ver y editar, en algunos casos puede interesarnos bloquearlo por faltas de respeto, cuestiones de seguridad, etc. 
 
Para ello, seguiremos los siguientes pasos: 

Vamos al menú superior y escogemos la opción Bloc de notas de clase. 
Seleccionamos la opción Administrar blocs de notas. 
Ello nos abrirá el navegador para que escojamos el Bloc de notas para gestionar. 
Ello nos permitirá el las opciones de la derecha la opción de bloquear para todos el Espacio de colaboración o bloquearlo para algunos alumnos/as concretos.